ডিম পাড়ার মুরগির ক্লোকা থেকে উৎপন্ন হয় এবং অন্ত্রের অণুজীব পৃষ্ঠের সাথে সংযুক্ত থাকে এবং দূষিত পরিবেশে প্রচুর পরিমাণে রোগজীবাণু ব্যাকটেরিয়া সংক্রমিত হয়। নমুনা জরিপে দেখা গেছে যে 10 শতাংশ ডিম পৃষ্ঠের উপর সালমোনেলা বহন করে এবং ডিমের পৃষ্ঠে 64 শতাংশ ই. কোলাই মারাত্মকভাবে মানকে অতিক্রম করে।
ডিমের পৃষ্ঠের অণুজীব এবং প্যাথোজেনিক ব্যাকটেরিয়া ডিমের খোসার অগণিত ছিদ্রের মাধ্যমে ডিমে প্রবেশ করবে এবং প্রচুর পরিমাণে বৃদ্ধি পাবে, ডিমের গুণমানকে মারাত্মকভাবে প্রভাবিত করবে এবং ভক্ষণকারীর ক্ষতি করবে। ডিমের দূষণ প্রতিরোধের একমাত্র উপায় হল ডিম উৎপাদনের পর দ্রুত পরিষ্কার ও জীবাণুমুক্ত করা, ক্ষতিকারক ব্যাকটেরিয়া মেরে ফেলা, তাদের দূষিত পদার্থগুলোকে অপসারণ করা এবং পোল্ট্রি উৎপাদন প্রক্রিয়ায় অনিবার্য বিভিন্ন জীবাণু ও ক্ষতিকর পদার্থকে সম্পূর্ণরূপে নির্মূল করা।